Robione na kolanie ale da efekt jakiego oczekujesz. Można to zrobić ładniej ale nie miałem czasu na przepisywanie joinów i testowanie.
WITH remanent as
(
select
M.mag_Nazwa as Magazyn, m.mag_Id,
sum(dbo.fnInsMul( (A.mr_ilosc-isnull(R.mr_ilosc,0)) , W.mw_cena, 2 )) as [Wartość magazynowa]
from dok_magruch A
inner join vwDokMagWart W on A.mr_SeriaId = W.mw_SeriaId
left join ((select isnull( sum( C.mr_ilosc ), 0 ) mr_ilosc, C.mr_doId
from dok_magruch C
where C.mr_data<={D:Data}
group by C.mr_doId)
) R on R.mr_DoId = A.mr_id
inner join sl_Magazyn M on M.mag_Id = A.mr_MagId
where W.mw_pozid in (SELECT TOP 1 T.mw_pozid
FROM vwDokMagWart T
WHERE T.mw_SeriaId = W.mw_seriaid and T.mw_data<={D:Data}
ORDER BY mw_data DESC, mw_pozid DESC)
and A.mr_MagId is not null
/*and (A.mr_MagId in ({CHL_DB:select -1, '(dowolny)' union all SELECT mag_Id, mag_Symbol FROM sl_Magazyn order by 2:magazyn:-1:(dowolny)})
or -1 in ({CHL_DB:select -1, '(dowolny)' union all SELECT mag_Id, mag_Symbol FROM sl_Magazyn order by 2:magazyn:-1:(dowolny)}))*/
and A.mr_data<={D:Data}
and A.mr_ilosc > isnull(R.mr_ilosc,0)
group by M.mag_Nazwa,m.mag_Id
)
select slm.mag_Nazwa as magazyn
,"Wartość magazynowa"=isnull(remanent.[Wartość magazynowa],0)
from sl_Magazyn slm
left join remanent on slm.mag_Id=remanent.mag_id
order by slm.mag_Nazwa