Trzeba oznaczyć jako nieaktywnych.  Można to zrobić skryptem jako rozwiązanie własne - wtedy oznaczymy większą ilość kartotek jedncześnie.

Na liście określamy aby wyświetlało tylko aktywnych kontrahentów.

W ostatnim czasie borykamy się z wydłużonym czasem wyszukiwania klientów przy wprowadzaniu FV, WZ lub PA imiennych.
Wśród aktywnych klientów jest 8500 linii.

To relatywnie bardzo mała liczba klientów, więc przyczyna jest inna - poważne problemy wydajnościowe lub (jak już zostało zasugerowane) liczba kontrahentów jest dużo większa, miałem przypadek, gdzie klient miał około 800 000 kontrahentów jednorazowych, a programie było widać tylko jakieś 5 000.

Jest jakiś sposób aby to przyśpieszyć?

Na pewno, należy zacząć od znalezienia przyczyny problemu i wybrać rozwiązanie.

Lub jak z automatu usunąć podmioty, z którymi np. przez ostatnie 5 lat nie było współpracy.

Za pomocą rozwiązań dodatkowych / zlecić taką usługę, tylko wcześniej należy usunąć dokumenty, na których Ci kontrahenci zostali wykorzystani: http://forumsubiekta.pl/subiekt/faq-czyli-najczesciej-zadawane-pytania/msg75974/#msg75974.