Powinna zadziałać (nie testowałem dokładnie) zmiana celu komunikacji na "centrala" (wpliku, w drugiej linii, w drugim polu należy zmienić wartość na "2") i wykorzystanie komunikacji centrala-oddział (główne menu->Narzędzia->Komunikacja->Odbierz z oddziału), wcześniej należy włączyć komunikację i skonfigurować podmiot jako centralę (Administracja->Parametry->Komunikacja->Wielooddziałowość).
Jeśli to nie zadziała to mam gotowe rozwiązanie, które zbiorczo importuje dokumenty z plików epp z zachowaniem wszystkich danych dokumentu, korzysta ze Sfery.