Subiekt może na podstawie e-Faktury:
a) dopasować (odnaleźć) już posiadany indeks
b) pokazać  indeks jako nierozpoznany (użytkownik decyduje co dalej)
c) wstawić indeks jako usługę jednorazową
d) dodać nowy indeks do kartoteki na podstawie e-Faktury i wstawić go na FZ

Rozumiem, że interesuje Cię opcja d), więc należy w Parametry-Parametry KSeF ustawić w zakładce Import e-Faktur właściwą dla siebie opcję. Załączam screen'a.