Jeśli to ma być format "do biura rachunkowego", to nie ma takiej możliwości z interfejsu programu.
Ja w takim przypadku poradziłem sobie w ten sposób, że po wygenerowaniu usuwałem z pliku wynikowego zbędne elementy poprzez skrypt w visual basic-u (bo tak umiem).
Natomiast da się zaznaczyć faktury w module faktur sprzedaży i poprzez opcję "Wyślij do" zapisać je do pliku epp. Przy czym to są "pełne" faktury, czyli zawierające również pozycje i szczegóły asortymentu.