Czy jest możliwość łatwej zmiany numeru NIP podmiotu?

Tak, poradzi sobie każdy - wystarczy zamówić taką usługę, koniec.

Rozumiem, że wiąże się to z kosztami nowych licencji, ale czy da się to jakoś w miarę bezproblemowo zrobić?

To zależy od konkretnego przypadku - przy przekształceniu można przenieść licencje, jeśli mają funkcjonować dwie firmy, to potrzebne są dwie licencje. Ogólnie problemów nie ma, należy tylko pamiętać o rozwiązaniach dodatkowych zabezpieczonych numerem NIP.

Chciałbym uniknąć kopiowania towarów, dokumentów itp do nowego podmiotu. Idealnym byłoby odtworzenie podmiotu z kopii zapasowej ale z nowym nipem.

Jak wyżej, bez problemu można to zrealizować. Gdyby jednak ktoś chciał usunąć zbędne dane przy tej okazji to: http://forumsubiekta.pl/subiekt/faq-czyli-najczesciej-zadawane-pytania/msg75974/#msg75974.