Dzisiaj próbowałam naprawić swój błąd, ale program pokazuje mi że nie mam towaru w magazynie, co nie jest zgodne z prawdą ponieważ mam ten towar.

Jest to zgodne z prawdą, nie znasz podstaw obsługi magazynu i programu lub masz uszkodzoną bazę danych - niestety nie pokazałaś, że potrafisz sprawdzić stan magazynowy na dzień i że ten stan jest widoczny w programie.

mam wrażenie

Skoro piszesz, że "masz wrażenie" to oznacza to, że jednak nie potrafisz posługiwać się programem, "zgadujesz/domyślasz się" zamiast po prostu "sprawdzić", gdyż program te wszystkie informacje gromadzi i można je przeglądać.

że program chciałby ściągnąć towar z magazynu z tej PZ z której wcześniej ściągnął, dzisiaj jest to niemożliwe dlatego że tamten towar zszedł z magazynu wystawiając inne faktury. 

Nie mniej dobry kierunek - chwilę wcześniej napisałaś, że masz ten towar, a teraz że towar zszedł z magazynu i ta druga wersja jest prawdziwa - w podstawowej konfiguracji program wydaje towar według FIFO, jeśli towar dostępny w maju został wydany w następnych miesiącach to w maju już go nie ma.

Jest jakiś ratunek żebym zrobiła sobie porządek w dokumentach ?

Jest, zostało to opisane niezliczoną ilość razy na forum, wystarczyło poszukać, upewnić się i zastosować... Należy wycofać skutki magazynowe na dokumentach rozchodowych i wykonać je chronologicznie lub po prostu przeprowadzić inwentaryzację.