zawsze wystawiam dokumenty pz netto, ale zauważyłam, ze jest też opcja pz z vat.
kiedy wystawia się pz z vatem?

Można i polecam zawsze lub kiedy jest taka potrzeba, na przykład kiedy otrzymamy WZ w walucie.

zawsze wpajano mi, że stany magazynowe liczone są po cenie netto ( przy załozeniu, że dokument zakupowy to fv)

Ogólnie to prawda tylko jaki to ma związek z dokumentami z VAT, przecież każdy dokument przyjęcia / zakupu (poza rachunkiem zakupu) przyjmuje towar na magazyn w cenach netto ?