Działa, bez dopisywania dodatkowych warunków w CASE bo cały grid jest filtrowany wg magazynu i
CASE WHEN (Tw.Stan < Tw.tw_StanMin AND Tw.tw_Zablokowany = 0 AND tw.st_MagId in (1)) THEN 1 ELSE 0 END
działa dokładnie tak samo na magazynie o Id=1 jak
CASE WHEN (Tw.Stan < Tw.tw_StanMin AND Tw.tw_Zablokowany = 0 ) THEN 1 ELSE 0 END
Cały ten dopisek i tak nie ma sensu, bo zapytanie grida ma warunek
WHERE
( st_MagId = 1 )
Chyba, że chcecie uzyskać coś czego nie rozumiem...
EDIT
Nie wiem co wg Ciebie działa. Jeżeli dodałeś formatowanie z dopisanym AND tw.st_MagId in (1) to masz tak, że na magazynie o ID=1 formatowanie będzie działało a na żadnym innym nie będzie działało, bo to co jest w CASE nigdy nie będzie spełnione.