Druga metoda to przyjęcie zaliczki →   wystawienie zamówienia zaliczkowego   →   następnie wystawienie do niego faktury zaliczkowej cząstkowej jednej lub wielu oraz faktury końcowej.

Ten sposób wystawiana zaliczek został dodany do systemu od wersji 1.19, a kilka szczegółów jego dotyczących omówiono poniżej.

W tym miejscu warto dodać, że w przeciwieństwie do zamówienia zwykłego, zamówienie zaliczkowe umożliwia edycję specyfikacji towarowej na każdym etapie transakcji. Ponadto w każdym momencie można wydawać częściowo towary z magazynu dokumentami WZ.