Problemem raczej nie będzie sam rozmiar bazy a jej zawartość w konkretnych miejscach. Przy tworzeniu nowego magazynu program musi min. utworzyć dla nowego magazynu rekordy stanów magazynowych i na tym się pewnie męczy. Obstawiam, że jak ustawisz bardzo duży timeout dla operacji i uzbroisz się w cierpliwość to się w końcu przemęczy. Odbudowanie indeksów i statystyk przed tą operacją może pomóc.