Czy da radę zrobić coś takiego aby np utworzyć PZ  i na jego podstawie wygenerować fakturę zakupu i ewentualne zamówienie różnicowe ?

Tak, lecz to podstawy obsługi programu, więc zapewne nie rozumiem pytania.

ewentualnei jakies sugestie moze zmienic proces?

Chyba też nie rozumiem pytana, gdyż sugestia jest podawana od początku istnienia forum - wdrożenie - podczas którego są identyfikowane potrzeby, proponowane ich rozwiązania i ewentualnie uruchamiane... Rozwiązania / narzędzia możliwe do wykorzystania też były wielokrotnie opisywane - dokumenty w formie elektronicznej, kody kresowe, czytniki kodów kreskowych, kolektory danych, rozwiązania dodatkowe...

Jeśli chcesz jakieś podpowiedzi od użytkowników takich rozwiązań to należy jak najdokładniej opisać problem - branżę / asortyment, konstrukcję magazynu (jednopoziomowy / wielopoziomowy, w budynku / plac), skalę (przyjęcie palety, kontenera), budżet (czasami okazuje się, że nie wystarczy na jeden kolektor danych, więc nie ma sensu zaczynać)... Czy na pewno tylko przyjęcia są problemem, co z wydaniami, gdzie poprzez przyjęcie na magazyn od razu można zoptymalizować wydanie (lokalizacje towaru w magazynie)... 

No należy ZD zrealizować do PZ lub FZ, jeśli PZ/FZ będzie różniło się od ZD (i będzie włączone w parametrach tworzenie zamówień różnicowych) to utworzy się zamówienia różnicowe.

Czyli jak rozumiem nie da sie zrobić niepowiązanego z zamówieniem PZ i z tego z robić różnicowego z ZD?

Chyba ciągle nie rozumiesz - da się to zrobić, ale nie za pomocą standardowych funkcjonalności programu.

Jeśli zrobię FZ z ZD to rozumiem z muszę ja wyczyścić i czytnikiem sobie wpisać ręcznie i po tym mi wyjdzie różnicowe (tak teraz robię — pytam, czy może mogę to jakoś ułatwić)

Już to tłumaczyłem - "możesz", ale nie "musisz", są / można przygotować rozwiązania, które usprawnią ten proces, a w standardzie może wyglądać to tak, jak opisałeś.