Gdy wystawiam fakturę na kontrahenta i daję opcję ostatnia cena sprzedaży do kontrahenta to jest cena z poprzedniej faktury. Natomiast jeśli wystawiam dokument wz daję opcję ostatnia cena sprzedaży do kontrahenta to podaje cenę z ostatniej faktury a nie dokumentu wz .

Bo WZ to skrót od "wydanie zewnętrzne", czyli to nie jest "sprzedaż", więc dokumenty te nie są uwzględniane w poziomie cen "ostatnia cena sprzedaży".

...jak zrobić żeby dodawało cenę z ostatniej wz

Standardowo - wdrożyć program/dostosować do swoich potrzeb, w tym przypadku poprzez zamówienie rozwiązania dodatkowego, które zmieni sposób działania ostatniej ceny sprzedaży kontrahenta (będą uwzględniane dokumenty WZ).