Jaka informacja, w jakich JPK ma niby zostać przekazana ? Tak na logikę - po co w ogóle przekazywać dane, które nie podlegają ewidencji księgowej tylko są wykorzystywane na wewnętrzne potrzeby i zwracać na siebie uwagę ?

Żadne "niby" tylko kompletne bzdury, zajrzyj do pliku JPK_VAT i sam się przekonaj...

Jak wspomniałem czytałem i z tego co widzę nie ma tam takiej informacji jednak wolę się upewnić. Księgowa twierdzi że skoro jest generowany przez subiekta to informacja o towarach i usługach jest zawarta. Rozumiem że moge kobietę uświadomić że jest w błędzie??

Nie widzę sensu próbować uświadamiać kogoś, kto nie zastanawia się na tym co robi i przekazuje klientowi bzdurne domysły - co za różnica jaki program generuje dane skoro zawsze będzie miał tę samą zawartość/ten sam format - nie ważne czy zrobi to Subiekt, Rachmistrz czy Rewizor... Kto i skąd wysyła JPK_VAT - Ty z Subiekta czy może jednak księgowa ze swojego programu księgowego ? Jeśli jednak księgowa ze swojego programu to gdzie niby widzi te dane, których boi się wysłać ?

Co z tymi kosztami?? Robić te fikcyjne stany czy jest lepszy sposób na mieć jakąś kontrole nad kosztami i w zestawieniach w kolumnie koszty nie mieć 0,00.

Oczywiście, że robić, sam już zauważyłeś, że "kobieta jest w błędzie".

Ale jakie problemy niby mogą być?
I co z tego że zostanie stan magazynowy w Subiekcie?
Przecież nikt nie zabrania robić sobie  własnych ewidencji czegokolwiek do celów analitycznych.
Ja bym niczego księgowej nie tłumaczył, tylko rozejrzał się za madrzejszą.

Może najpierw ustalmy. Twoimi kosztami są rzeczywiście tylko usługi czy także towary (których nie ewidencjonujesz)?

Staraj się dokładniej opisywać problemy, bo od tego zwykle zależy dokładność odpowiedzi.
Nie byłbym taki szybki też w umniejszaniu wiedzy księgowej na podstawie tak biednych i niespójnych danych.
Jeżeli do wykonani usługi zużywasz materiały to powinny być one ewidencjonowane w kolumnie 10 KPiR i na końcu roku te niezużyte powinny być ujęte w remanencie.
Ta kolumna nie służy tylko i wyłącznie do tego aby ewidencjonować zakup towarów handlowych (do sprzedaży w stanie nie przerobionym)
Jak to będziesz wykonywał w programie to już zupełnie inna sprawa - czy będziesz prowadził dokładną ewidencję tych materiałów aby na koniec roku mieć łatwo do wyliczenia stan materiałów, które nie zostały zużyte do badań czy też po prostu zliczysz ich ilość i wyznaczysz wartość z dokumentów zakupu.

Czy rzeczywiście kontrola by wpadła i znalazła w subiekcie 100tys sztuk jakiegoś towaru, którego nigdy tyle nie kupiłem to byłby to dowód że ten towar w takiej ilości mam??

Co to znaczy, że nie kupiłeś? To skąd tam się to znalazło?
Co masz na myśli pisząc o "fikcyjnych towarach?


Daniel pyta się Ciebie kto i skąd wysyła JPK_VAT a Ty odpowiadasz, że

Księgowa wysyła z subiekta jak przyjeżdża do mojej firmy.

co oczywiście nie może być prawdą ponieważ Subiekt nie ma pełnych danych do JPK_VAT.

Księgowa może mieć na myśli JPK_MAG a nie JPK_VAT ale Ty nam tego nie powiesz bo najprawdopodobniej nie wiesz jaka jest różnica pomiędzy jednym a drugim.

Reasumując aby ktoś mógł dobrze Ci doradzić to Ty musisz dobrze się zapytać. Może po prostu dogadaj się z dostawcą programu aby wytłumaczył Ci takie kwestie.

Oczywiście masz racje że co do dokładności opisu.
Księgowa przyjeżdża i przerzuca dane z mojego serwera na swój komputer. Także mówiąc konkretnie nie wykorzystuje mojego programu.
Zdaje sobie jaka jest różnica pomiędzy jpk vat a mag. Mag-a wysyłać nie mogła ponieważ w obecnej chwili nie ma żadnej ewidencji stanów magazynowych. Jak wspomniałem jest to obecnie niezwykle trudne ponieważ np. 480 sztuk testu na FADV jest na 5 płytkach 96 dołowych i niemal nigdy nie schodzą pełne płytki a ewidencja pojedynczych dołków jest niewykonalna (kontorole dodatnie ujemne, referencyjne). Są na to metody ale w tej chwili nie do wprowadzenia. Żeby mieć jakakolwiek kontrole nad kosztami poszczególnych testów i potencjalna rentownością poszczególnych kierunków (jest ich 180) chciałem zbudować fikcyjny magazyn, czyli taki który nie ma związku z realnymi stanami magazynowymi (tylko do celów analitycznych) Bez tego obecnie we wszelkich zestawieniach mam koszt 0.00, marże 100% itd. Oczywiście mógłbym stworzyć do celów analitycznych arkusz w exelu, jednak chce mieś wszystko w jednym miejscu i wykorzystać możliwości subiekta.
Poza tym jak już wspomniałem w przypadku niektórych badań do wykonania usługi używane są liczne drobne towary, których ewidencja byłaby abstrakcją. Dlatego chciałbym stworzyć "towar" magazynowy o nazwie identycznej jak nazwa usługi, gdzie wpisałbym sobie szacowany koszt używanych materiałów, ponieważ np. nie istnieje pakiet materiałów do pojedynczego badania bakteriologicznego tkanki płucnej. 
Dlatego wracając do sedna... Czy stworzenie w subiekcie magazynu fikcyjnych materiałów do celów analitycznych, aby było co "zdjąć" z magazynu przy wystawianiu FV możne mieć jakieś negatywne konsekwencje?? Czy obawy księgowej że wirtualne stany magazynowe mogą spowodować naliczenie "podatku od stanów magazynowych" Tylko w sumie jak skoro nigdy nie wysyłała jpk_mag...