Pojawiają się, bo są nierozliczone.
Po kolei:
1. Ktoś je wpisał, same się nie zrobiły. Przez forum nie widać kto. Nie widać także dlaczego ani jak.
2. Wpłaty albo były od początku nieskojarzone z fakturą, albo ktoś rozkojarzył. Przez forum nie widać... jak wyżej
3. Skoro faktycznie w banku była tylko jedna operacja to jedną należy rozliczyć przez skojarzenie z f-rą, a drugą usunąć.
Czego jeszcze oczekujesz?